Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 18 Mayıs 2018 tarih ve 30425 sayılı Resmî Gazete ’de yayımlanarak yürürlüğe giren “Yükseköğretim Kanunu İle Bazı Kanun Ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılmasına Dair 7141 Numaralı Kanun” ile Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak kurulmuştur. Lisansüstü Eğitim Enstitüsünün amacı, Isparta Uygulamalı Bilimler Üniversitesinin vizyonu ve araştırma üniversitesi olma hedefi doğrultusunda, enstitü bünyesinde yer alan anabilim dallarındaki lisansüstü eğitim-öğretim programlarında bilimsel tezlerin yürütülmesi ve tamamlanmasında, ülkesel ve evrensel yararlılık, orijinallik ve etik prensiplerden ayrılmaksızın, sürdürülebilir ve nitelikli araştırmalar ile bilime, teknolojiye katkı sağlayacak, sorumlu ve yenilikçi uzmanlar yetiştirilmesine destek olmaktır. Lisansüstü Eğitim Enstitüsü bünyesinde 7 Fakültenin (Su Ürünleri, İşletme, Orman, Teknoloji, Ziraat, Turizm, Büyükkutlu Uygulamalı Bilimler) lisans programlarıyla bağlantılı olarak 29 Anabilim Dalında (29 Yüksek Lisans - 21 Doktora Programı) lisansüstü çalışmalar sürdürülmektedir.